После распада СССР в 1991 году бывшие советские республики начали проводить независимые футбольные чемпионаты. В советской Высшей лиге в 1991 году было немало российских клубов, но всё же недостаточно, чтобы составить лигу. Поэтому в 1992 году в российской Высшей лиге соревновались 20 российских клубов из высшей и первой лиг чемпионата СССР. Для уменьшения общего числа матчей команды были разделены на две группы. Количество команд в Высшей лиге было постепенно сокращено: 18 в 1993 году и 16 в 1994 году. С тех пор Высший дивизион (и Премьер-Лига) состоит из 16 клубов, за исключением эксперимента в 1996 и 1997 годах, когда команд было на две больше.

Доминирующей силой в Высшем дивизионе был «Спартак» (Москва), выигравший 9 чемпионатов за 10 лет. Единственный, кроме «Спартака», клуб, ставший за это время чемпионом — «Спартак-Алания» (Владикавказ) (в 1995 году). Среди матчей, олицетворяющих противостояние этих клубов, — игра за чемпионский титул («золотой матч») 1996 года, выигранная московским «Спартаком».

В общей сложности в чемпионатах России в разные годы выступали 37 команд, представлявших 24 субъекта Российской Федерации (Москва (7 команд), Санкт-Петербург, Московская область (2), Самарская область (2), Волгоградская область (2), Ростовская область, Ярославская область, Нижегородская область, Свердловская область, Калининградская область, Воронежская область, Томская область, Тюменская область, Саратовская область, Краснодарский край (3), Ставропольский край, Приморский край (2), Пермский край, Северная Осетия, Татарстан (2), Калмыкия, Дагестан, Кабардино-Балкария, Чечня).